果汁飲料灌裝機的瓶子由風道輸送，再由移瓶星輪輸送到三合一機的打瓶機。打瓶機的轉盤上安裝有瓶夾，瓶夾夾住瓶口并沿導軌翻轉180°使瓶口朝下。在洗瓶機的特定區域，洗瓶機噴嘴噴射洗瓶水來清洗瓶子的內壁。洗瓶瀝干后，用瓶夾托住，然后沿導軌翻轉180°，使瓶口朝上。洗好的瓶子由移瓶星輪從打瓶機中引出，送至灌裝機。進入灌裝機的瓶子被瓶頸支架夾住，被凸輪抬起，然后灌裝閥被瓶口推開。采用重力填充法，灌裝閥打開后，物料的灌裝過程通過灌裝閥完成，灌裝后瓶口下降離開灌裝閥，瓶子通過瓶頸過渡撥輪進入旋蓋機。封蓋機上的防旋轉刀粘住瓶頸，保持瓶子直立，防止其旋轉。封蓋頭在封蓋機上保持公轉和自轉，在凸輪的作用下實現旋蓋、旋蓋、旋蓋、旋蓋、旋蓋的動作，從而完成整個封蓋過程。成品瓶通過送瓶撥輪從壓蓋機轉移到送瓶鏈上，瓶子由送瓶鏈送出三合一機。
為了建立和保持果汁飲料灌裝機內部的無菌環境，在無菌洗水瓶、無菌灌裝和封蓋設備上設置微生物屏障和100級空氣凈化系統。根據不同區域的潔凈度要求，設置不同的正氣壓，即潔凈度要求高的區域的氣壓高于潔凈度要求低的區域，使可能被污染的空氣不會進入潔凈度要求高的無菌空間。目前無菌灌裝蓋的滅菌方法有:噴霧法、噴霧法、紫外線照射法。采用殺菌可靠性高的消毒液噴霧法對蓋子進行殺菌，殺菌停留時間有很大的余地。
1、材料和材料通道的無菌處理。灌裝后的物料采用超高溫自動瞬時滅菌(簡稱UHT)設備進行滅菌。這種方法不僅能有效地對物料進行殺菌，還能減少因物料長時間受熱而引起的產品風味變化，是目前常用的效果較好的物料滅菌方法，滅菌效果能保證商業無菌要求。
2、包裝材料的無菌處理。目前無菌灌裝瓶的滅菌方法有:噴霧、噴霧、灌裝。由于國內廠家很難將瓶子的初始污染程度控制在一個較低的指標，果汁飲料灌裝機采用滅菌可靠性高的灌裝方式對瓶子內部進行滅菌，瓶子外部采用噴淋方式清洗滅菌，為滅菌保留時間留出充足的空間，可以保證達到商業滅菌要求。
